大多是由直肠肛管周围脓肿引起，还可能是其他原因，或不良饮食或生活习惯诱发。
1.直肠肛管周围脓肿：直肠肛管周围脓肿可以自行溃破或手术切开引流，溃疡破口、手术切口慢慢形成多个和外口，肛瘘是直肠肛管周围脓肿反复而形成的结果，大部分肛瘘都是该原因引起。
2.其他原因：前列腺、尿道等部位感染或会阴缝合后感染可能会波及形成肛瘘；糖尿病等慢性疾病患者因身体抵抗力下降，血行感染而导致肛瘘等。
3.不良饮食或生活习惯诱发：长期食用辛辣、刺激、油腻等食物，久坐、排便习惯不规律等引起腹泻或便秘，增加发生率，也容易诱发肛瘘。
导致肛瘘的原因还有很多，一旦发现肛瘘症状，建议及时去正规医院就诊，明确诊断，因肛瘘无法治愈，通常医生建议患者尽早手术治疗，减轻对身体的影响，减少复发几率。
