因手足口病不同阶段的临床表现不同，应辨证施治，进行个体化用药，适时调整治疗方案，随症加减药物。其中药物单位克(g)，3至6岁服用该剂量，3岁以下减半量，6岁以上加量。
(一)疾病早期：症状：发热、微恶风、头痛酸楚、咳嗽、流涕、舌苔薄白、脉浮数。治则：清凉解表、疏风散热。
药物：金银花
6、连翘
3、竹叶
3、荆芥
5、牛蒡子
5、薄荷
3、豆豉
3、甘草
3、桔梗
5、芦根10等。
加减：可加升麻
3、葛根
5，促疱疹早透，肌肤瘙痒者加蝉蜕
3、浮萍
5，解肌透表。
中成药可用精制银翘解毒胶囊、维C银翘片等。
(二)疾病发疹阶段：症状：发热较甚（38℃以上）、持续不解、口痛拒食、手足皮肤、口咽出现大量疱疹、局部瘙痒。
烦躁不安、口干口渴、尿黄、便干或便溏。
舌质红、苔黄腻、脉滑数。
治则：清热解表、化湿透疹。
方剂：甘露消毒丹加减。
药物：金银花
6、连翘
3、黄芪
5、薄荷
3、白寇仁
5、藿香
3、石菖蒲
5、滑石10、茵陈
5、板蓝根
5、射干
5、贝母3等。
加入野菊花、蒲公英、大叶青、茯苓、薏苡仁、紫草等，以加强清热解毒、化湿透疹作用。
加减：恶心呕吐者加芦根10、竹茹5；高热不退者加葛根
5、柴胡
3、生石膏10、知母5；肌肤瘙痒甚者加蝉蜕
3、白藓皮5。
中成药可用痰热清注射液。
(三)疾病的发疹重症阶段：症状：壮热不退，夜晚甚；头痛剧烈，口痛剧烈；手足甚至四肢皮肤、臀部疱疹密集，色泽紫暗或成簇出现；疱液浑浊或脓液，伴小便黄赤、大便干结，舌苔黄厚或黄燥，脉滑数。
治则：清热解毒、透营祛湿。
方剂：清瘟败毒饮加减。
药物：黄连
3、黄芩
3、栀子
3、连翘
3、生石膏10、知母
5、生地黄
5、赤芍
5、牡丹皮
3、大叶青
3、板蓝根
5、紫草
5、水牛角
5、羚羊角5等。
加减：大便干结者加大黄3；烦躁不安者可加莲子心3；口渴者加麦冬
5、芦根10。
中成药可用痰热清注射液、穿琥宁注射液。
(四)疾病出现脑膜炎、脑水肿等中枢系统改变的严重并发症阶段：症状：出现高热、神昏、抽搐等神经系统改变。治则：清热解毒、醒脑开窍。中成药：清开灵注射液。
(五)疾病出现心力衰竭、呼吸衰竭等严重并发症阶段：症状：心悸、胸闷、气短或呼吸困难。
口唇紫绀、口吐白色或粉红色泡泡沫痰，或四肢不温，不能平卧，舌质红、苔黄，脉数或微欲绝或结代。
治则：益气养阴、回阳救逆。
中成药：参附汤注射液、丹参注射液、生脉注射液。
(六)疾病的恢复阶段：症状：身热消退、神疲乏力、口渴、疱疹消退、脉细数。治则：益气养阴。
方剂：沙参麦冬汤加减。
药物：沙参
5、麦冬
5、玉竹
5、桑叶
5、甘草
3、天花粉
5、白扁豆
5、生地黄
5、生黄芪
5、太子参
5、茯苓5。
中成药可用生脉饮口服液。
此外，对疱疹的外治法，口咽部可用西瓜霜、冰硼散，珠黄散等，选用一种吹敷口腔患处；手足疱疹用金黄散、青黛粉、冰硼散，选用一种用蒸馏水稀释溶化后，用消毒棉签蘸此水涂患处。
每日3—4次。
艾贝小儿推拿防治手足口法：取小天心穴（位于手掌大小鱼际交接的凹陷处），用手指揉动30-50次，可清热疏风；取内劳宫穴(位于手掌心正中)用手指做3分钟环性推动，用力要轻些，仅在皮肤表皮推动并不带动深层组织，具有清热除燥之功效。
