概况
由于上海政府没有重视农业，因此历经90多年发展,相对其他百年学府来说不很理想，后从校长周应琪开始，对学校发展做出合理规划发展，2001年建立南汇校区，在高校扩招形式下，在校学生达到15000人左右。2004年原上海市农委主任潘迎捷出任校长，配合市政规划，在2007年左右上海水产大学与上海海事大学(原上海海运学院)将搬往为洋山深水港而建立的芦潮港临港新城,作为第一批"开荒者"进驻这个规划中的上海新经济热点。
上海水产大学在水产学一级学科教学和科研方面与青岛海洋大学并列中国第一,前者偏重于淡水养殖,后者偏重于海水养殖。
科研主力
李思发教授,依托世界银行的经费,经16年群体选育和生物技术结合而培育而成的良种团头鲂"浦江一号",被农业部第134号公告为全国推广良种
南汇校区
2001年秋天，水大的部分专业迁到南汇大学城。涉及水产等需要实验支持的大部分专业在大三大四会迁回军工路主校区。同时水大还和当时的托普集团联合创建了上海托普信息技术学院。
对外交流
上海水产大学在水产方面一直同国外同类大学保持交流。主要有韩国的釜山大学和日本的东北大学等，在2004年有交换学生20多人。水大在2002年同澳大利亚塔斯马尼亚大学合作创办了爱恩学院（IEN），但专业并不涉及水产学科，而是热门的IT和经济类专业。
鲸馆
鲸馆位于军工路校区，其中的抹香鲸标本为中国第二大抹香鲸标本。
应该是二流,青岛海洋大学硬件更强我参观过
