自闭症的病因目前还不明确，通过临床观察可能与以下的因素有关：1.遗传因素：遗传因素对孤独症的作用已趋于明确，但是具体的遗传方式还不是特别明了；2.围产期因素：围产期有各种并发症，比如产伤、宫内窒息等；3.免疫系统异常：T淋巴细胞数量减少，辅助T细胞和B细胞数量减少，抑制诱导T细胞缺乏，自然杀伤细胞活性减低等；4.神经内分泌和神经递质：与多种神经内分泌和神经递质的功能失调有关。研究发现，孤独症患者的单胺系统，如五羟色胺和儿茶酚胺发育不成熟，松果体、丘脑下部、垂体、肾上腺轴异常，导致5-HT、内啡肽增加，促肾上腺素激素分泌减少。
