复杂性肛瘘手术后，一般需要3~4周才能恢复。
肛瘘可分为低位单纯性肛瘘、高位单纯性肛瘘、低位复合性肛瘘、高位复合性肛瘘等，因此，根据其与肛肠环的关系，可将低位复合性肛瘘分为高危。由于复杂性肛瘘手术难度大，复发率高，术前应做好充分准备，避免残留内痔，降低复发率。一旦发现复杂性肛瘘，应选择手术治疗。由于复杂性肛瘘治疗难度大，手术并发症多，建议选择有经验的医生，术后患者应按照医生的建议更换敷料。复杂性肛瘘手术恢复时间因人而异，还有一些患者做过手术后没有得到恢复。复杂性肛瘘做过手术后，切口一般是敞开的，不能缝合。切口恢复需要机体自身细胞逐渐堆积生长，等到肉芽增生到既定程度，就可以搭建起皮肤的连接，可以缓慢愈合，这个过程需要3~4周左右的时间，也有更长的时间。
复杂性肛瘘指的是内口、外口或者是瘘道比较多，有2个或者2个以上，这种手术比较复杂，术中的操作以及后期治疗都特别复杂，术后的护理很重要。患者可采用中西医结合治疗。如有必要，也可以选择手术，但术后恢复期也相对较长，有时需要进行第二次肛门括约肌手术。
肛瘘患者需要注意日常生活管理，预防疾病可能引起的并发症，必要的生活方式调整对改善患者症状、促进疾病康复具有重要作用。
术后24小时内卧床休息，减少活动，可减少伤口疼痛和出血。
如果肛门水肿，可以加芒硝坐浴。保持大便通畅，定期排便，避免久坐。定期运动促进胃肠蠕动。注意肛周清洁。
