一般来说，真菌感染的治疗以药物治疗为主，常用药物如下：唑类唑类化合物是目前临床上最常见的抗真菌药物，适用于各种真菌感染性疾病。这类药物可通过阻碍麦角甾醇的生物合成、改变膜通透性，进而抑制真菌生长。常用药物包括酮康唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏，以及伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等。烯丙胺类烯丙胺类药物具有广谱抗真菌作用，可以使角鲨烯在细胞内积累、阻碍新的固醇合成，导致细胞组织坏死，并起到一定的抑菌作用。常用药物包括盐酸特比萘芬乳膏、盐酸萘替芬乳膏，以及盐酸特比萘芬片等。多烯类多烯类化合物能通过与真菌细胞膜上的麦角固醇结合、改变膜的通透性，导致细胞内成分不可逆丢失，进而起到杀灭真菌的作用。常用药物包括硝呋太尔制霉菌素阴道软膏、那他霉素滴眼液、注射用两性霉素B以及制霉菌素片等。嘧啶类嘧啶类药物能干扰真菌细胞内嘧啶的生物合成，进而抑制真菌DNA的正常合成，起到杀灭真菌的作用。常用药物如氟胞嘧啶片，但该药一般不单用，常联合两性霉素B相关药物治疗深部真菌感染。棘白菌素类棘白菌素类药物能够破坏真菌细胞壁的完整性，使得真菌细胞溶解，起到抑菌、杀菌的作用。常用药物包括注射用醋酸卡泊芬净、注射用米卡芬净钠等。磺胺类磺胺类药物属广谱抗菌药，可与对氨苯甲酸竞争二氢叶酸合成酶，干扰叶酸合成，进而起到抗菌的作用。常用药物如复方磺胺甲噁唑片（复方新诺明片），为治疗肺孢子菌病的首选药物，部分情况下可联合使用甲氧苄啶、伯氨喹、卡泊芬净相关药物等。糖皮质激素类糖皮质激素类药物作用多样，包括强大的抗炎作用，能抑制化学性、物理性、免疫性、病原生物性等多种原因引起的炎症反应；免疫抑制作用，对免疫过程的多个环节均具有抑制作用；抗过敏作用，减少组胺、5-羟色胺等过敏介质产生，进而抑制过敏反应。常用药物如醋酸泼尼松片、注射用甲泼尼龙琥珀酸钠，可用于治疗过敏性支气管肺曲霉病、过敏性曲霉鼻窦炎、肺孢子菌病等。应注意，抗真菌药物有很多，具体应用需遵医嘱，避免擅自用药、停药，以免影响治疗效果，或引发不良反应。
