藿香正气水是含酒精的，酒精含量为40%-50%，有服用后出现过敏性休克的情况，这是很严重的，所以酒精过敏者要禁用。此外，该药可能影响大脑的判断能力以及反应速度，而且驾驶员还可能被测出是酒后驾车，所以需要开车、从事高空作业、机械作业及操作精密仪器的患者要避免服用。更要注意的是，酒精与头孢菌素类（如头孢氨苄、头孢呋辛、头孢他啶等）、甲硝唑、替硝唑、酮康唑、呋喃唑酮等药联合使用，可出现双硫仑样反应，主要表现为颜面潮红、头痛、恶心、呕吐、心悸、血压下降、胸闷、胸痛、气短、呼吸困难、休克等，严重的可能导致死亡，所以藿香正气水与这些药物不能同时服用。不过，市场上也有一些不含酒精的藿香正气系列的药物，比如藿香正气胶囊、藿香正气水合剂、藿香正气口服液等，这些药物在功效上与藿香正气水基本是一致的，只是作用可能稍微弱一些，但也可以作为藿香正气水的替代药物使用。
