真菌感染侵犯的部位不同，其临床症状也会有所差异。
临床上可将真菌感染的症状分为浅部真菌感染、深部真菌感染、机会性真菌感染这三种情况。
1、浅部真菌感染：在人体免疫能力低下时，如果不注意个人卫生，真菌侵犯了皮肤、毛发等部位，这时可能会出现皮肤上起红斑、丘疹、水疱等症状。
2、深部真菌感染：如果真菌感染侵犯到呼吸系统，可能会出现呼吸困难、哮喘发作、咯血等症状；
如果真菌感染侵犯到泌尿系统，可能会出现尿液浑浊、泡沫多等症状；
如果侵犯到消化系统，可能会出现腹泻、肛周白斑等症状。
如果侵犯到神经系统，可能会出现嗜睡、表情淡漠等症状。
3、机会性真菌感染：若患有糖尿病、淋巴瘤等基础疾病，导致自身的抵抗能力低下。
如果平时不注意做好防护措施，容易发生真菌感染，可能会出现口咽鹅口疮、发冷、发热等症状。
