能够引起肠道菌群失调症的基础病很多，如肝肾功能受损、胃肠功能紊乱、糖尿病等。
只有积极治疗基础病，从根源解除，并辅以治疗肠道菌群失调，才可以保证身体的彻底康复，保证菌群失调不再复发。
一、一般治疗
1、去除诱因：肠道菌群失调的诱因有很多，如年龄、饮食、药物、肠道动力异常以及器官移植等，排除年龄等非可抗因素，其余因素均可人为控制，预防避免肠道菌群失调的发生，要未病先防，防患于未然。
2、合理使用抗生素：抗生素是导致肠道菌群失调的重要原因，合理使用抗生素可减少肠道菌群失调的发生，严格控制抗生素的剂量和使用时间是主要解决方法。
二、药物治疗
1、活菌制剂：目前常用的活菌制剂有嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌、乳酸乳杆菌、芽胞乳杆菌、分叉乳菌、粪链球菌、大肠埃希菌、粪杆菌和枯草杆菌等，其中以分叉乳杆菌制剂疗效最好。
2、菌群促进剂：口服菌群促进剂，亦可达到扶植正常菌群的目的。
如用乳糖扶植大肠埃希菌，用叶酸扶植肠球菌，儿童常用分叉杆菌因子促进分叉乳杆菌生长。
3、耐药性肠球菌制剂：日本目黑氏等采用增厚传代培养法获得了耐链霉素、红霉素、四环节、氨苄青霉素的肠球菌一类链球菌BIO-4R株。
经动物和人体内试验表明，本菌具有耐多种抗菌素性，故能阻止其他菌群异常繁殖，防止菌群失调，改善大便性异常，且比以往单用抗菌素治疗疗效迅捷，并能防止粪链球菌BIO-4R株的耐药因子向大肠杆菌K-12株转移。
三、手术治疗
肠道菌群失调症，多采用保守治疗。
除原发疾病合并有严重外伤、肿瘤、中毒性巨结肠、肠穿孔等特殊情况，一般不考虑手术治疗。
四、其他治疗
对施行大手术患者，手术前注意补充营养，亦可肌注丙种球蛋白以提高机体免疫机能。
有研究表明，溃疡患者肌注人免疫球蛋白可使结肠内乳酸杆菌和双岐杆菌增加，某些条件致病菌减少。
也可试用注射转移因子，免疫核糖核酸、胸腺素等，亦可用白细胞介素2.5万U/次肌肉注射，10天为一疗程，可连续应用。
